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A Inquisição era o tribunal da igreja católica instituído para combater e punir heresias, bruxarias e outras situações que fossem contra o catolicismo.
Criada por volta do sec. XIII, no Sul de França, onde permitiu a repressão das heresias dos Cátaros e dos Albigenses. Apesar de ser uma instituição judicial do papado, a Inquisição também esteve ao serviço do poder real, a quem permitiu a eliminação de inimigos incómodos. Um dos casos foi o processo movido contra os Templários, na França, pelo rei Filipe. Depois de um relativo declínio, a Inquisição voltou a ter vida em fins do sec. XV, na Espanha, onde apoiou a unificação política dos Reis Católicos.
Os tribunais da Inquisição portuguesa funcionaram em várias cidades, acabando por subsistir os de Coimbra, Lisboa, Évora e Goa.
A Inquisição teve vários países apoiantes, tal como Roma, Espanha, Portugal e outros.
Nos países católicos a inquisição distinguiu-se pelos métodos cruéis que foram utilizados para combater a heresia protestante. Alguns deles eram a tortura, penas, prisão e morte na fogueira.
Em Portugal o Tribunal da Inquisição foi instituído primeiro que em Roma, a pedido de D. João III em meados de 1536.
O seu estatuto era duplo: como tribunal eclesiástico, funcionando por delegação papal, os juízes eram clérigos e os seus objectivos eram a perseguição de heresia.
Alguns dos suspeitos de simpatia protestante eram os humanistas Damião de Góis, Fernão de Oliveira, Diogo de Teive, bem como os professores “bordaleses” do colégio das Artes.
A inquisição também punia outros crimes como a bruxaria, a bigamia, a sodomia e a blasfémia.
Quando os Portugueses conquistaram o Atlântico sul, estavam na vanguarda da técnica de navegação. Um empenho em aprender com cientistas, muitos deles judeus, fizera que os conhecimentos adquiridos fossem directamente traduzidos em aplicações práticas; e, quando, em 1492, os Espanhóis decidiram compelir os seus judeus a professar o cristianismo ou abandonar o país, muitos encontraram refúgio em Portugal, nessa época mais complacente quanto aos seus sentimentos anti-judaicos. Mas em 1497, pressões da igreja católica e de Espanha levaram a coroa portuguesa a abandonar essa tolerância. Cerca de 70 mil judeus foram forçados a um baptismo espúrio, embora válido como sacramento. Em 1506, Lisboa viu o seu primeiro “progrom", que deixou um saldo de 2000 “cristão-novos” mortos. Desde então, a vida intelectual e científica de Portugal desceu a um abismo de intolerância, fanatismo e pureza de sangue.
O declínio foi gradual. O seu primeiro auto-de-fé foi em 1543; mas só se tornou sombriamente implacável na década de 1580, depois da união das coroas portuguesa e espanhola. Muitos estrangeiros, comerciantes e homens de ciência, acharam entretanto que a vida em Portugal estava a ficar demasiado perigosa, o que levou á saída do país em massa. Levaram com eles dinheiro, experiência comercial, ligações, conhecimentos e – ainda mais importante – aquelas qualidades imensuráveis de curiosidade e inconformismo que constituem o fermento do pensamento, deslocaram-se para Síria, Turquia, Holanda, Itália, Inglaterra e França.
Foi uma perda, mas em questões de intolerância a maior perda é a que o perseguidor inflige a si próprio. É esse processo de autodiminuição que confere à perseguição a sua durabilidade e a torna, não o acontecimento de um dado momento, ou de um reinado, mas de vidas inteiras, de gerações e de séculos. Em 1513, Portugal precisava de astrónomos; na década de 1520, a liderança científica tinha acabado. O país tentou criar uma nova tradição astronómica e matemática cristã, mas fracassou, até porque os bons astrónomos foram alvo da suspeita de judaísmo.
Consistiu uma forma de a ordem nobiliárquico-eclesiástica, detentora da terra e do poder político, em suma, reconhecida com valores feudais, reagir ao poder mercantil e à nova mentalidade laica (Inquisição e Cristãos-Novos).